Η απαλλαγή των μη ορθόδοξων χριστιανών μαθητών της δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης από το μάθημα των θρησκευτικών δεν αντίκειται στο Σύνταγμα, την Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ) και τον Γενικό Κανονισμό της Ευρωπαϊκής Ένωσης για την προστασία των προσωπικών δεδομένων. Αυτό έκρινε με απόφασή της η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας (ΣτΕ), ενώπιον του οποίου είχαν προσφύγει γονείς μαθητών και η Ένωση Αθέων.
Οι προσφεύγοντες ζητούσαν την ακύρωση της απόφασης του υπουργείου Παιδείας του 2022 η οποία προέβλεπε ότι για την απαλλαγή των μη Ορθόδοξων Χριστιανών μαθητών από το μάθημα των θρησκευτικών υποβάλλεται αίτηση στον διευθυντή του σχολείου η οποία συγκεκριμένα θα αναφέρει: «Λόγοι θρησκευτικής συνείδησης δεν επιτρέπουν τη συμμετοχή (μου ή του παιδιού μου) στο μάθημα των θρησκευτικών».
Τα μέλη της Ολομέλειας ΣτΕ εξετάζοντας τη συγκεκριμένη υπόθεση έκριναν με τις υπ΄ αριθμ. 1534 και 1536/2023 αποφάσεις της ότι η προσβαλλόμενη υπουργική απόφαση δεν αντίκειται στις διατάξεις του Συντάγματος και της ΕΣΔΑ για τη θρησκευτική ελευθερία, «δεδομένου ότι η εν λόγω αίτηση γίνεται χάριν απαλλαγής από την επιβαλλόμενη από το Σύνταγμα και τον νόμο υποχρέωση παρακολούθησης του μαθήματος των θρησκευτικών».
Ακόμη, το Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο στις αποφάσεις που εξέδωσε αναφέρει πως η συλλογή και φύλαξη των αιτήσεων απαλλαγής από την παρακολούθηση του μαθήματος των θρησκευτικών από τον διευθυντή του σχολείου και η καταστροφή τους 3 μήνες μετά τη λήξη του σχολικού έτους, συνιστά μεν μη αυτοματοποιημένη επεξεργασία «ειδικών» δεδομένων προσωπικού χαρακτήρα σχετικών με θρησκευτικές πεποιθήσεις, η οποία εμπίπτει στο πεδίο εφαρμογής του ΓΚΠΔ, αλλά η επεξεργασία αυτή «δεν παραβιάζει την αρχή της αναλογικότητας/ελαχιστοποίησης των δεδομένων, διότι διασφαλίζει την απαλλαγή για λόγους θρησκευτικής συνείδησης σε εκείνους που προβάλλουν τη σχετική αξίωση (άρθρο 13 παρ. 1 Συντ., άρθρο 9 ΕΣΔΑ), στα πλαίσια της υποχρέωσης του κράτους για παροχή θρησκευτικής εκπαίδευσης (16 παρ. 2 Συντ.) με σεβασμό στις θρησκευτικές και φιλοσοφικές πεποιθήσεις των γονέων (άρθρο 2 ΠΠΠ ΕΣΔΑ), περιορίζεται δε σε κατάλληλα, συναφή και αναγκαία για τους σκοπούς της επεξεργασίας δεδομένα, απαραίτητα για την οργάνωση της εκπαιδευτικής διαδικασίας και της σχολικής ζωής».
