Αλλαγές στον τρόπο λειτουργίας της εισαγγελίας Διαφθοράς αλλά και στον τρόπο επιλογής του οικονομικού εισαγγελέα, επιφέρει η τροπολογία που ψήφισε η Βουλή κατά τη συζήτηση και ψήφιση του πολυνομοσχεδίου του υπουργείου Δικαιοσύνης, «Ενσωμάτωση στην ελληνική νομοθεσία των Οδηγιών (ΕΕ) 2016/800, 2017/1371, 2017/541, 2016/1919, 2014/57/ΕΕ, κύρωση του Μνημονίου Διοικητικής Συνεργασίας μεταξύ του Υπουργείου Δικαιοσύνης της Ελληνικής Δημοκρατίας και του Υπουργείου Δικαιοσύνης και Δημόσιας Τάξεως της Κυπριακής Δημοκρατίας, τροποποιήσεις του ν.3663/2008 (Α΄ 99) προς εφαρμογή του Κανονισμού (ΕΕ) 2018/1727 και άλλες διατάξεις».
Συγκεκριμένα, με τις νέες ρυθμίσεις του υπουργείου Δικαιοσύνης διευρύνεται ο κύκλος των εισαγγελέων εφετών από τους οποίους το Ανώτατο Δικαστικό Συμβούλιο μπορεί να επιλέξει αυτόν τον οποίο θα τοποθετήσει ως εισαγγελέα Οικονομικού Εγκλήματος. Επιπλέον προβλέπεται ότι το Ανώτατο Δικαστικό Συμβούλιο και όχι η εισαγγελία του Αρείου Πάγου, όπως προβλέπονταν μέχρι σήμερα, θα ορίζει τον αντεισαγγελέα που θα εποπτεύει και θα συντονίζει το έργο των οικονομικών εισαγγελέων και των εισαγγελέων Διαφθοράς.
Ακόμη, οι νέες διατάξεις ορίζουν πως ο εισαγγελέας οικονομικού εγκλήματος και ο εισαγγελέας Διαφοράς, θα μπορούν να θέτουν στο αρχείο μια υπόθεση εφόσον κρίνουν ότι εκεί πρέπει να οδηγηθεί ο σχετικός φάκελος, χωρίς προηγουμένως να την υποβάλλουν στον αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου που θα τους εποπτεύει.
Τέλος, διευρύνεται ο κύκλος των εισαγγελέων εφετών από τους οποίους το Ανώτατο Δικαστικό Συμβούλιο μπορεί να επιλέξει αυτόν τον οποίο θα τοποθετήσει ως εισαγγελέα Οικονομικού Εγκλήματος.