Σύμφωνη με τις συνταγματικές επιταγές είναι η πρόβλεψη για εκκλησιασμό και πρωινή προσευχή σε νηπιαγωγεία και δημοτικά σχολεία, έκρινε με απόφασή της (942/2020) η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας. Κατά τους ανώτατους δικαστικούς λειτουργούς «η προσευχή και ο εκκλησιασμός στο πλαίσιο της εκπαιδευτικής διαδικασίας συνιστούν, όπως και η διδασκαλία του μαθήματος των θρησκευτικών, αναγκαία μέσα, με τα οποία υπηρετείται ο συνταγματικός σκοπός της αναπτύξεως της θρησκευτικής συνείδησης των Ελλήνων κατ’ άρθρο 16 παρ. 2 του Συντάγματος».
Ωστόσο, σύμφωνα με την ίδια απόφαση της Ολομέλειας ΣτΕ, αντίθετη στις σχετικές διατάξεις του Συντάγματος αλλά και στην Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου, είναι η παράλειψη να προβλεφθεί νομοθετικά η δυνατότητα απαλλαγής από τον εκκλησιασμό για όσους μαθητές νηπιαγωγείων και δημοτικών σχολείων το επιθυμούν, επικαλούμενοι λόγους θρησκευτικής συνείδησης.
Όπως σημειώνουν στην απόφασή τους τα μέλη της Ολομέλειας ΣτΕ τόσο ο εκκλησιασμός όσο και η πρωινή προσευχή «απευθύνονται αποκλειστικά στους μαθητές που ασπάζονται το Ορθόδοξο Χριστιανικό δόγμα και όχι στους ετερόδοξους, αλλόθρησκους ή άθεους μαθητές».
Οι τελευταίοι, σύμφωνα το ΣτΕ, «απολαμβάνουν το δικαίωμα της θρησκευτικής ελευθερίας, η οποία κατοχυρώνεται στο άρθρο 13 παράγραφος 1 του Συντάγματος» και «έχουν ευθέως βάσει της συνταγματικής αυτής διατάξεως δικαίωμα απαλλαγής από την προσευχή και τον εκκλησιασμό, χωρίς καμία δυσμενή συνέπεια, εφ’ όσον οι γονείς τους υποβάλουν δήλωση ότι δεν επιθυμούν, για λόγους θρησκευτικής συνείδησης, να συμμετέχουν τα τέκνα τους στην προσευχή και τον εκκλησιασμό».
Σύμφωνα δε με την απόφαση της Ολομέλειας ΣτΕ κατά παράβαση άλλων διατάξεων του Συντάγματος και της Ευρωπαϊκής Σύμβασης Δικαιωμάτων του ανθρώπου, «προβλέπεται η δυνατότητα απαλλαγής από την πρωινή προσευχή μόνο των μαθητών άλλου δόγματος και όχι και άλλων μαθητών (άλλου θρησκεύματος, άθεων, αγνωστικιστών) που έχουν λόγους θρησκευτικής συνείδησης για απαλλαγή».
Η συγκεκριμένη υπόθεση απασχόλησε το ΣτΕ έπειτα από προσφυγή γονέων οι οποίοι ζητούσαν να ακυρωθεί το Προεδρικό Διάταγμα 79/2017 που αφορά την «οργάνωση και λειτουργία νηπιαγωγείων και δημοτικών σχολείων». Συγκεκριμένα με την αίτησή τους οι γονείς ζητούσαν την ακύρωση του επίμαχου Προεδρικού Διατάγματος, κατά το μέρος εκείνο με το οποίο προβλέπεται η τέλεση κοινής προσευχής μαθητών και εκπαιδευτικών των νηπιαγωγείων και των δημοτικών σχολείων, καθώς επίσης και κατά το σκέλος εκείνο με το οποίο προβλέπεται η δυνατότητα εκκλησιασμού των μαθητών στο πλαίσιο συγκεκριμένων εορτών.